Alguns sintomas apresentados pelo paciente, podem estar presentes em mais de uma condição clínica, logo, o profissional pode criar várias hipóteses diagnósticas para a queixa. Nesse momento, o psicólogo pode contar com o diagnóstico diferencial, que consiste em verificar e descartar as hipóteses criadas, até chegar no diagnóstico final.

Na clínica seguimos algumas etapas, começando por checar se alguma droga ou medicamento pode ter causado o sintoma, ou se alguma condição orgânica desencadeou (como no caso de um transtorno depressivo devido ao hipotireoidismo). Se essas hipóteses forem excluídas, comparamos os sintomas semelhantes de um transtorno com outro. Por exemplo, tanto no transtorno de personalidade borderline como no transtorno bipolar existem variações de humor, porém no primeiro as variações acontecem rapidamente, e no segundo acontecem em um período de semanas ou meses.

Com a explicação acima podemos perceber a importância de um raciocínio clínico bem desenvolvido para a realização do diagnóstico diferencial, já que é a partir dele que o processo psicoterapêutico será guiado.